Rad Državnog inspektorata u stručnom smislu koordiniran je iz središnjeg ureda Državnog inspektorata.Tako se u središnjem uredu kreira jedinstvena metodologija za stručnu i pravodobnu provedbu inspekcijskog i upravnog postupka iz djelokruga rada Inspektorata, koordiniraju i izrađuju prijedlozi programa rada i izvješća o ostvarivanju programa rada, pruža logistička potpora (pravni i opći poslovi, upravljanje ljudskim resursima), prate izmjene i dopune zakona i propisa te daju prijedlozi za njihovu izmjenu ili dopunu, obavljaju poslovi komunikacije s Hrvatskim saborom, Vladom RH i tijelima državne uprave, poslovi u svezi odnosa sa sredstvima javnog priopćavanja, poslovi unutarnje kontrole itd. U sjedištu je osnovano šest službi čijim radom upravljaju pomoćnici glavnog inspektora. Osim službi, u Središnjici su ustrojene posebne ustrojstvene jedinice – Kabinet glavnog inspektora, Odjel za unutarnju reviziju, Odjel unutarnjeg nadzora i Odjel za europske integracije.
Radi učinkovitog i neposrednog obavljanje poslova inspekcijskog nadzora na cjelokupnom teritoriju Republike Hrvatske Zakonom o Državnom inspektoratu osnovano je pet područnih jedinica na čijem su čelu pročelnici područnih jedinica sa sjedištima u Zagrebu, Rijeci, Splitu, Varaždinu i Osijeku. Osim toga unutrašnje ustrojstvo izvedeno je tako da u sastavu područnih jedinica djeluju kao unutarnje ustrojstvene jedinice i 39 ispostava u rangu odsjeka.
U područnim jedinicama i ispostavama inspekcijski nadzor iz djelokruga rada Državnog inspektorata obavljaju u prvom stupnju inspektori rada, gospodarski inspektori, elektroenergetski inspektori, rudarski inspektori i inspektori posuda pod tlakom. Na čelu područnih jedinica nalaze se pročelnici, a na čelu ispostava su voditelji ispostava.